Pada masa lampau, sejarah tentang para ahli mikrobiologi pertanian yaitu Schlosing dan Muntz (Prancis, 1873), Hellrieger dan Wilfarth (Jerman, 1887), Winogradsky (Rusia, 1889), Beyer
inck (Belanda, 1890) menemukan bahwa nakteri-bakteri yang dapat menyusun nitrat anmoniak berasal dari persenyawaan nitrogen organik. Sedangkan Waksman (Amerika Serikat, 1940) menemukan Strptomyces, suatu mikroorganisme tanah yang menghasilkan streptomisin. Penemuan-penemuan itu sangat berguna bagi kemajuan dalam bidang pertanian.
Sedangkan di dalam mikrobiologi perusahaan, Nicolas Appert (Perancis, 1810) merupakan perintis dalam usaha-usaha pengawetan makanan. Ia adalah orang yang memulai mengawetkan makanan dengan terlebih dahulu memanasi, kemudian menutup makanan tersebut rapat-rapat. Kemudian Pasteur menyimpulkan bahwa perubahan kimia pada bahan makanan disebabkna oleh aktivitas mikroorganisme, misalnya alkoholisasi oleh sel-sel ragi, masamnya susu karena bakteri asam-susu, busuknya makanan karena berbagai macam bakteri dan cendawan. Penyelidikan-penyelidikan yang dilakukan oleh Fuchs, Lister, Von Hessling menambah bukti-bukti akan kebenaran pendapat Pasteur.
Mikroorganisme tersebut di antaranya adalah bakteri dan cendawan yang merupakan penghasil bermacam-macam zat organik dan obat-obatan antibiotik. Di dalam biokomia, mikroorganisme memegang pernana penting dalam menganalisis sistem enzim dan dalam menganalisi komposisi suatu bahan makanan. Genetika maju pesat sejak digunakannya mikroorganisme sebagai makhluk percobaan.
Di dalam bakteriologi kedokteran dikenal nama Varro berasal dari bangsa Romawi. Pada abad pertama sebelum Masehi, Varro berpendapat bahwa penyakit tertentu disebabkan oleh sesuatu yang dibawa oleh udara yang masuk ke dalam tubuh manusia melalui mulut atau hidung. Akan tetapi, masnyarakat pada umunya beranggapan bahwa penyakit itu disebabkan oleh badan halus.
Selain itu, ilmuan lain yang bernama Francastorius (Italia, 1546) melakukan pengamatannya mengenai menularnya penyakit-penyakit seperti pes, cacar, tuberkulosis. Kemudian ia menyimpulkan bahwa suatu “seminaria” (benih) dapat menular (contagion) dari seorang kepada orang yang lain.
Pada abad 19 orang mulai memahami bahwa penyakit itu disebabkan oleh suatu mikroorganisme. Hal ini disebabkan karena telah ditemukannya mikroskop, yaitu alat yang digunkana untuk melihat makhluk-makhluk kecil (jasad renik) yang tidak dapat dilihat dengan mataa biasa. Pada tahun 1840, seorang ahli ilmu penyakit berkebangsaan Jerman yang bernama Jacob Henle menyatakan bahwa suatu penyakit tertentu disebakan oleh suatu kelompok mikroorganismetertentu pula. Pernyataan ini ddiperkuat oleh Robert Koch (1843-1910). Sebelumnya pendapat Jacob Henle itu juga telah dikemukakan oleh Pleucis (Austri, 1762), dengan reaksi yang berbeda. Sarjana ini menyatakan bahwa tiap penyakit itu disebabkan oleh berbagai jenis mikroorganisme.
Penelitian Mikrobiologi terus berlanjut dan muncul berbagai peneliti yang ingin mengemukakan tentang mikroorganisme yang akhirnya tidak hanya merugikan, namun dapat pula menguntungkan bagi manusia.