Keanekaragaman makhluk hidup merangsang untuk disederhanakan dengan cara dikelompokkan. Hasil pengelompokan spesies dapat bervariasi tergantung pada kriteria yang digunakan sebagai dasar pengelompokan. Banyak sedikitnya kesamaan ciri atau sifat yang dimiliki antar spesies dengan spesies lainnya menentukan kekerabatan spesies tersebut. Nama ilmiah yang diberikan pada jenis dan marga spesies sering kali dapat digunakan untuk menentukan kekerabatan spesies tersebut.
Klasifikasi adalah menempatkan bersama-sama sekelompok makhluk hidup dalam satu kategori karena memiliki hal-hal yang mirip satu dengan yang lain dan menempatkan organisme pada kategori yang terpisah hal-hal yang berbeda. Dengan perkataan lain klasifikasi adalah mencari perbedaan pada hal-hal yang sama dan mencari persamaan pada hal-hal yang berbeda untuk keperluan pengelompokan. Dengan demikian azas atau prinsip klasifikasi adalah melakukan pengamatan secara cermat terhadap makhluk hidup yang akan diklasifikasikan. Hasil pengamatan ini diperoleh sekumpulan ciri-ciri. Berdasarkan persamaan dan perbedaan ciri inilah makhluk hidup itu dikelompokan.
Klasifikasi sering didasarkan pada morfologi (bentuk luar), anatomi (bentuk bagian dalam), fisiologi (fungsi alat tubuh), genetika (sifat yang diturunkan), embriologi ( tingkat perkembangan dari embrio sampai dewasa). Di samping itu klasifikasi sering juga didasarkan pada prinsip analogi dan homologi. Pada klasifikasi jaman modern klasifikasi berdasarkan keragaman DNA (deoxyribo nukleotide acid).
Organ analog adalah organ yang mempunyai fungsi yang sama, tetapi asal usulnya berbeda Contohnya: sirip ikan paus dan sayap pinguin adalah organ analog karena semuanya digunakan untuk berenang, tetapi sirip ikan dan sayap pinguin berbeda asalnya. Sayap pada burung, sayap kelelawar disatu pihak dan sayap serangga di pihak lain merupakan organ analog karena sama-sama berfungsi untuk terbang, tapi asal usulnya berbeda. Dengan semakin majunya pengetahuan tentang anatomi, kesamaan dalam habitat dan organ analog seringkali menjadi tidak cukup kuat untuk melihat kekerabatan hewan. Kenyataannya adalah bahwa hewan-hewan tersebut mempunyai perbedaan yang bahkan jauh lebih penting daripada sekedar habitat dan organ analog. Klasifikasi yang kemudian dikembangkan adalah klasifikasi yang berdasarkan prinsip-prinsip homologi.
Klasifikasi ini menjadi penting karena mendasarkan pada hubungan kekerabatan yang berdasar pada evolusi. Semua makhluk hidup yang bersama-sama mempunyai organ-organ homolog adalah berkerabat satu sama lain, karena mewarisi organ-organ homolognya dari moyang yang sama. Jadi kuda, kelelawar, dan ikan paus semua memiliki moyang tunggal yaitu mempunyai struktur anggota depan dasar yang dimiliki oleh makhluk-makhluk saat ini walaupun jelas dalam bentuk dan fungsi yang amat termodifikasi.
Tumbuhan dan hewan mempunyai sistem klasifikasi yang berbeda. Kelompok terbesar tumbuhan dan hewan dinyatakan dengan regnum. Setelah itu diadakan pengelompokan lagi sehingga terbentuk kelompok berdasarkan ciri-ciri yang lebih spesifik lagi. Berdasarkan taksonomi (jenjang takson) makhluk hidup dapat diklasifikasikan sebagai berikut : divisio (untuk tumbuhan), phylum (hewan), classis (kelas), ordo (bangsa), family (suku), genus (marga) dan species (jenis).
Ernist Mayr dalam Hakim (2000) mendefinisikan spesies sebagai suatu populasi alamiah yang dapat mengadakan ”saling kawin” secara potensial dan aktual dan tidak mengadakan persilangan dengan populasi lain meskipun ada kesempatan untuk itu.
Dengan banyaknya jenis-jenis dan jumlah diskripsi yang berbeda-beda, terjadi kesimpang siuran. Kadang-kadang nama sama diberikan pada beberapa hewan (homonim) atau beberapa nama diberikan pada satu hewan (sinonim). Kemudian Linnaeus menggunakan aturan-aturan tertentu dan akhirnya Kongres Zoology International memutuskan untuk membentuk komisi tetap dalam hal membuat peraturan nomenclatur (tata nama). Peraturan-paraturan tersebut sabagai berikut:
1) Nama (zoologi) hewan dan (botani) tumbuhan harus berbeda.
2) Tidak boleh dua genus dalam kerajaan hewan mampunyai nama sama dan spesies sama.
3) Tidak ada suatu nama yang dianggap mendapat prioritas, termasuk nama-nama yang tercantum dalam buku Systema Naturae.
4) Nama ilmiah harus berbahasa latin atau dilatinkan.
5) Nama genus harus kata tunggal (kata benda) dan dimulai dengan awal huruf besar.
6) Nama spesies harus kata tunggal dengan awal huruf kecil (biasanya kata sifat yang menerangkan genus).
7) Pencipta nama adalah orang pertama yang menerbitkan dalam suatu penerbitan berkala dengan memberikan diskripsi hewan-hewan itu.
8) Jika suatu genus baru diusulkan, tipe spesiesnya harus ditunjukkan.
Contohnya Daucus carota (wortel), Ascaris lumbricoides (cacing gelang)
Nama famili dibentuk dengan penambahan akhiran idea pada nama genus dan sub famili dengan akhiran inae.