Hubungan antar spesies, termasuk mikrobe dapat dibedakan sebagai berikut:
Netralisme
Hubungan netralisme merupakan hubungan antar spesies yang saling tidak mengganggu. Misalnya saja, mikrobe yang ada di dalam tanah atau di dalam kotoran hewan banyak spesies yang dapat hidup bersama dengan saling tidak merugikan, tetapi juga tidak saling menguntungkan.
Kompetisi
Kebutuhan akan zat makanan yang sama dapat menyebabkan terjadinya persaingan antar spesies. Spesies yang dapat menyesuaikan diri paling baik, itulah spesies yang akan mengalami pertumbuhan subur, maka bakteri aerob akan dikalahkan oleh bakteri anaerob
fakultatif.
Antagonisme
Antagonisme menyatakan hubungan yang berlawanan, dapat dikatakan sebagai hubungan yang asosial. Spesies yang satu menghasilkan sesuatu yang meracuni spesies yang lain, sehingga pertumbuhan spesies yang terakhir sangat terganggu. Zat yang dihasiIkan oleh spesies yang pertama mungkin berupa suatu ekskret, sisa makanan dan yang jelas bahwa zat itu "menentang" kehidupan yang lain. Zat penentang tersebut dinamakan antibiotika. Oleh karena kejadian inilah Alexander Fleming pada tahun 1929 menemukan antibiotika penisilin.
Beberapa bentuk dari antagonisme misalnya antara Strepto: lactis dan Bacillus substilis atau Proteus vuigaris. Jika ketiga spesies ditumbuhkan pada suatu medium, maka pertumbuhan Bacillus c Proteus akan segera tercekik karena adanya asam susu yang dihasilkan Streptococcus lactis,
Komensalisme
Asosiasi jenis ini terjadi biia dua spesies hidup bersama, kemudian spesies yang satu mendapatkan keuntungan, sedangkan spesies yang lain tidak dirugikan olehnya, maka hubungan hidup antara kedua spesies itu disebut komensalisme (metabiosis). Spesies yang beruntung disebut komensal, sedangkan spesies yang member keuntungan disebut inang (hospes).
Mutualisme
Mutuaiisme merupakan suatu bentuk simbiosis antara dua spesies, dimana masing-masing yang bersekutu mendapatkan keuntungan. Jika terpisah, masing-masing tidak atau kurang dapat bertahan diri. Seringkali simbiosis dipakai untuk menyatakan bentuk hubungan antara dua spesies yang mutualistik, tetapi sekarang orang lebih banyak menggunakan istilah mutualisme. Simbiosis artinya hidup bersama. Anggota asosiasi ini disebut simbion.
Sinergisme
Sinergisme adalah asosiasi (hubungan hidup) antara kedua spesies, bila mengadakan kegiatan tidak saling menganggu, akan tetapi kegiatan masing-masing justru merupakan urut-urutan yang saling menguntungkan. Misalnya, ragi untuk membuat tape terdiri atas kumpulan spesies Aspergillus, Saccharomyces, Candida, Hansenula, dan Acetobacter. Masing-masing spesies mempunyai kegiatan-kegiatan sendiri, sehingga amilum berubah menjadi gula, dan gula menjadi bermacam-macam asam organik, alkohol, dan Iain-Iain. Asosiasi komensalisme dan sinergisme tidak ada perbedaan yang tegas.
http://id.shvoong.com/exact-sciences/biology/2081945-hubungan-antar-spesies/